Le site du village fut occupé dès la préhistoire. Des peintures rupestres, datées du IIe millénaire av. J.-C., ont été découvertes dans une grotte nommée Grotta Scritta.
Nonza est situé à l'emplacement de l'ancien camp romain de Castrum Nuntiae. Étymologiquement, le nom du lieu en latin signifie annonciateur, car le belvédère sur lequel fut construit la forteresse semblait propre à annoncer toute tentative d'incursion dans les Agriates à la colonie de Mariana, située sur la côte orientale. A la fin de l'époque romaine, sainte Julie, la patronne de la Corse, y aurait été martyrisée. Le premier lieu de culte et de pèlerinage à sainte Julie fut bâti à Nonza à la suite de cet évènement, puis le sanctuaire détruit par les Barbaresques en 734. A propos de pirates qui menaçaient les navigateurs et les villages côtiers, une vieille légende circulait à Nonza : Lors d'une attaque de Nonza par les barbaresques, le commandant de la place s'étant trouvé seul pour défendre le village, les femmes sont venues à la rescousse. Le commandant avait placé les canons en divers endroits. Allant de l'un à l'autre il tirait avec l'aide des femmes. Et sur la Teddia, il hurlait des ordres à ses troupes fictives. Tant et si bien que les barbaresques croyant avoir affaire à un grand nombre d'ennemis bien armés prirent la fuite.